在一些极端情况下，通过马桶气旋传播的微生物可能对人体的健康造成影响 。结核杆菌的脂质较多，容易在马桶残水的上层积聚 。当人的肠胃道感染结核杆菌后会引起腹泻，造成再次传播 。不过据估计，这只占总体感染病例的不到5% 。另一种可能是通过马桶气旋传播的微生物则家喻户晓——SARS病毒 。2003年香港淘大花园SARS暴发的报告推测，可能是最初发病的SARS病人的排泄物通过楼层里的下水道和排气扇迅速扩散，造成了整栋楼内SARS的暴发 。不过这些或是极端情况，或是尚未证实的研究猜测 。
养成冲马桶盖盖子的好习惯
无论哪一种微生物想要致病，都需要有一定的致病剂量 。实验中，研究人员将微生物与粪便或培养液均匀混合成悬浮液而进行测试，这种情况自然有助于微生物的传播 。在实际生活中，只有腹泻或呕吐接近实验中的条件 。换言之，正常情况下的便溺只会更限制微生物的传播，空气中的浓度也会更低 。不过，空气中通过气旋悬浮起来的微生物浓度能依据种类的不同而有上百倍的差距，因此马桶气旋带出的微生物是否能够致病还有待未来进一步的研究 。
【马桶滋生细菌？马桶盖到底该不该盖上】从已有的研究结果来看，有些微生物更容易在马桶周边积聚 。马桶冲水时的气旋的确能够造成微生物的传播 。一些措施可以减少通过气旋传播的微生物 。最简单的方法莫过于在冲水时盖上马桶盖了 。这项简单的方法能够将飞溅的微生物含量减少到不盖盖子时的1/12 。此外，定期用消毒水清洗马桶和水箱也能够限制马桶内微生物的残留 。虽然这些微生物的传播范围、时间目前未知，但在冲马桶时盖上马桶盖，定期用消毒水清理马桶和水箱，确实能够帮助我们降低潜在的健康危险 。
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