次日一早使徒来袭 ， 绫波丽驾驶零号机与使徒自爆 ， 碇真嗣很伤心 ， 他也把自己封闭起来了 。 帮不上别人也帮不了自己 ， 本来充满欢笑的小公寓如今凄凄冷冷 。 葛城突然想起和加持上次约会时的“特殊礼物” 。
打开胶囊发现芯片 ， 是加持秘密调查出来NERV的所有秘密 ， 葛城得知在“真相”之后拿出手枪 ， 为了阻止野心家们引发第三次冲击她已有觉悟 ， 恐怕自己也要付出生命代价 。
此时的葛城面对再次封闭内心的真嗣无能为力 ， 现在自己也是一片混乱 ， 心情沉入谷底 。 失去绫波丽她也很伤心于是希望能和真嗣说说话或者能两手相握痛哭一场也好 ， 但被真嗣拒绝 ， 葛城禁不住分析真嗣难道是害怕女人？不 ， 他害怕任何人 ， 他怕与人接触 。
紧接着24话渚薰也再次揭示真嗣害怕与他人“第一类接触”印证葛城的判断 。
萬重认为在大家都很伤心的剧情之下突然搞性暗示不符合剧情也不合情理 ， 所以才认第二个问题：握手 ， 不是性暗示 。 葛城只是尝试帮助真嗣 ， 两人互相安慰而已 。
【使徒|葛城美里与真嗣飘忽迷惑的关系 | 新世纪福音战士TV+EOE深度分析】葛城美里神情再次变得坚毅（上图） ， 她收到了加持的心意 ， 她也愿意背负起加持未完成的理想：阻止第三次冲击 ， 不让大灾难发生是两人共同的心愿 。 她知道日向诚暗恋自己 ， 于是她拉拢日向 。 日向真心喜欢葛城 ， 他知道更多秘密之后带着反正都是死 ， 不如和心爱之人一起死之觉悟 ， 在渚薰和真嗣进入最终教条之后按下自爆按钮 。 谁都没想到 ， 自爆信号居然被突然出现的第三绫波丽展开A.T立场隔绝而失效了 。
最后一个使徒自我选择死亡 ， 人类被使徒灭亡的命运似乎被改写 ， NERV的任务完成 ， 大家都在讨论不知接下来该何去何从 ， 可无形的命运之手并未放过任何一个人 ， SEELE派来的军队入侵要将NERV屠杀干净 。 接到战斗警报葛城赶回指挥室指挥战斗 ， 抵抗无用！葛城知道人类补完的部分内容 ， 所以她用尽办法将明日香和二号机藏进湖底 。 亲自找到真嗣 ， 危机时刻失去信心的真嗣瘫如烂泥 ， 同样经历过严重心理自闭疾病的葛城知道 ， 外力帮不了真嗣 ， 拉不动打也没用 ， 只能鼓励他 ， 让真嗣从内部打开心结才会有效 ， 可是 ， 没有时间了 。
右肋中枪伤及内脏 ， 剧痛和大量失血让葛城觉得浑身的力气突然被抽光 ， 生命将迎来最后时刻 ， 突然之间葛城感同身受 ， 终于明白父亲为何在第二次冲击大爆炸时用尽最后一丝力气救自己 ， 也突然顿悟和加持最后一次亲密约会时 ， 加持为什么会说沉迷在欲望里的人才是真实的 。
没有时间了 ， 一定要救出真嗣 ， 一定要让真嗣重新站起来 ， 她双手抱着真嗣的脸 ， “自己就是这样一错再错的 ， 坐上初号机 ， 去将这一切画上终止符……待一切了解后 ， 一定要回来哦”将父亲临死前送给她的十字架托付给真嗣 ， 再用「大人的吻」给真嗣以鼓励 。
这一吻意味深远 ， 就算暧昧让真嗣有所期待又怎样？反正自己要死了 ， 他回来也不能再继续 。
如果真嗣能够活下去 ， 这一吻也许能让他深深记住自己吧 ， 有传说只要有人还记得自己 ， 灵魂就永远不会消失 。这一吻是“真心为你”的表白 ， 是不顾自身安危直到生命尽头都真心为所爱之人的表白 。“加持君 ， 我这样做对么？”
葛城的十字架一直陪伴真嗣到人类补完失败 ， 终于真嗣和这个十字架重回人间 。
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