炎症性肠病关节炎的病因还不明：当然目前研究认为以下的因素可能与其发病有相关性：
1、细菌、病毒、真菌、原虫等感染 。
【炎症性肠病关节炎是怎么引起的】2、淋巴管阻塞和淋巴细胞聚集 。
3、炎症循环障碍 。
4、由于本病患者HLA-1327 大多阳性，说明遗传素质也可能是本病的致病因素 。
5、近年来从病理形态学的多样性，疾病的慢性炎症特性，肉芽肿的存在，多系统损伤如关节炎、皮肤损害及免疫抑制治疗有效等方面考虑 ， 免疫调控机制障碍也是致病的重要原因 。
炎症性肠病关节炎是一种病因未明的胃肠道非特异性的肠道肉芽肿性炎症性疾病，常常伴有溃疡、肉芽肿、瘢痕形成和关节炎等病理变化 。
