精子形态异常与精子核蛋白组型转换异常、染色质结构异常、精核蛋白缺陷、DNA断裂有关 。染色质异常精子多表现为头部形态异常（如大头精子）流产的可能性明显升高；精子头部的顶体异常可使精子丧失受精能力导致不育甚至引发流产；精子尾部线粒体提供能量和正常形态的微管结构是精子运动的基础尾部畸形的精子会使精子运动障碍，导致生育力下降 。
处理原则：
积极寻找病因，对因治疗（如感染、精曲、外界理化因素等），抗氧化治疗是最常见的治疗方法，中医药有发挥的空间，尽管目前关于中医药能否改善精子畸形率的研究报道不多见，但是可以提高受孕率，可能与多靶点的作用，通过多个环节提高精子的活力，改善精液的质量有关 。对于药物治疗无效者，可以对精子进行处理（如上游法等）辅助生殖 。
5感染因素
目前认为沙眼衣原体(CT)和解脲脲原体(UU)感染是引起RSA的重要病原体，附着于精子表面的UU能分泌神经氨脂酶类物质，随精子进入卵母细胞时，胚胎就会死亡而流产；它们可以引起子宫内膜炎性反应，影响母体自身免疫系统保护胚胎的调节机制，干扰胚胎着床或损害生长中的胚胎而诱发流产；感染破坏了血睾屏障，即可发生免疫反应，产生ASAB，进而影响早期胚胎的发育导致流产 。此外感染UU或CT患者精子DNA损伤率比对照组高3.2倍，经过抗生素治疗后，DNA损伤率可以下降 。当然TORCH（优生优育系统）的感染同样也会导致流产和胚停 。
处理原则：
抗感染治疗，对于最常见的UU、CT感染，首先大环内脂内抗生素，其次喹诺酮类抗生素 。需要注意二种及其以上微生物同时感染及耐药问题，故而对于RAS和胚停患者男方来说，需常规做微生物培养加药敏，对于有感染的情形，需根据药敏，给予敏感抗生素，足疗程的治疗，夫妻同查同治，疗程结束后，双方复查 。
6原因不明
（1）年龄男性随着年龄的增长，非典型精原细胞、异常精子细胞、生精小管间质纤维化、未成熟生殖细胞脱落均有增加，导致精子质量下降、受孕率降低、流产率增加、子代常染色体区域显性遗传疾病及胎儿死亡率增加 。研究发现与23～29年龄段的男性相比,59～74岁男性中精子染色质的结构畸形率明显增加 。
（2）环境因素男性精子从青春期发育后持续产生，且睾丸位置表浅，因此在精子发生的过程中易受外部暴露因素影响，从而诱导突变或产生非整倍体性等 。高温、空气污染、电离辐射、放化疗、汞、二溴氯丙烷等均能增加精子DNA的突变率 。
处理原则
年龄是属于不可抗拒因素，从优生优育的角度来说，还是建议对于“立业”有高求的夫妻在适当的时候孕育宝贝 。对于环境的因素，只能在一定的条件下尽量避免 。
总之、大量研究显示男方因素可影响胚胎发生、植入、出生缺陷和流产 。基因突变、高龄、感染和任何影响胎盘的父系基因异常皆提示有流产、胚停的风险 。故而积极处理男方因素，对于预防RSA和胚停，优生优育有着重要的意义 。
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