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初期【流行性乙型脑炎的主要临床表现】起病急，主要表现为全身不适，头痛、发热，常伴有寒战等症状 。体温急剧上升至39～40℃，伴头痛、恶心和呕吐，部分病人有嗜睡或精神倦?。?并有颈项轻度强直，病程1-6天左右 。
急性脑炎期此期最突出的特征是持续发热，体温高达39度-40度以上，多持续5-10天 ， 以后呈阶梯下降 。应中枢神经感染加重，可出现意识障碍，如精神恍惚 ， 昏睡和昏迷等，惊厥或抽搐也比较常见，80%的患者有颈项强直表现 。
恢复期乙脑在恢复期体温逐渐下降，精神、神经系统症状逐日好转 。重症病人仍神志迟钝、痴呆、失语、吞咽困难、颜面瘫痪、四肢强直性痉挛或扭转痉挛等 ， 少数病人也可有软瘫症状 ， 但经过积极治疗大多数症状可在半年内恢复，少数重症病人半年后仍有意识障碍、痴呆、失语及肢体瘫痪等精神神经症状，为后遗症 。
重型乙型脑炎通常发热在40度以上，有昏迷、惊厥、显著的脑膜刺激征及神经系统的体征 。呼吸、循环均可发生衰竭 。休温多迅速上升至39—40度甚至以上，发病初1—2天内有严重的头痛、头晕、疲倦、恶心、呕吐、嗜睡或有烦躁不安、兴奋，或表情呆板、对外界反应差 ， 眼结膜充血，瞳孔对光反应迟钝，颈强直，婴幼儿可出现前囟门凸出 。
约经过24—28小时病情更加严重，体温可高达4I度以上，出现昏迷、惊厥，肢体呈强直性或迟缓性瘫痪 。在深度昏迷下，可出现大小便失禁或尿潴留 ， 甚至可至呼吸衰竭、死亡 。
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