到了明朝中后期，东厂的侦缉范围甚至扩大到了全国，连远州僻壤，也出现了东厂密探的身影 ， 一时举国上下人人自危，民不聊生，人们看到这些“鲜衣怒马作京师语者”就马上避开，以免遭到飞来横祸 。在与锦衣卫的关系上，东厂则是后来居上 。由于东厂厂主与皇帝关系颇为密切，又身处皇宫，时时在皇帝身边，更容易得到皇帝的信任 。东厂和锦衣卫，逐渐由平级变成了上下级关系 。
与东厂的长期设置不同 ， 西厂在明朝历史上只短期存在过 。明宪宗成化年间，京城等地出现了一系列神秘的“妖化”事件，尽管主其事者先后被捕，但宪宗由此深感宪侦力量的不足 。于是他选任小太监汪直，派往宫外打探各种消息 。
汪直趁机四处捕风捉影，搜罗了大量所谓的“秘密情报”向宪宗报告 。宪宗对汪直的表现也十分满意 ， 要他继续做下去 。不久 ， 宪宗便设立了一个新的内廷特务机构——西厂，由汪直负责主持 。西厂从禁卫军中选拔军官 ， 然后再由其自行选置部下，不足月余 ， 西厂人员便得到极大扩充，其势力曾显赫一时 。
有人认为，宪宗皇帝设立西厂的初衷，本来只是为了让其侦探消息，但小太监汪直为了快速建立“功业”，大肆制造冤假错案，以遂其讨好主子之心 。从西厂设立之初 ， 经其手办的案件数量之多、速度之快、牵扯人员之众均大大超过了东厂和锦衣卫 。西厂的侦缉网遍布全国，其打击对象主要是被认为有不轨之言行官员，一旦怀疑某人，便立刻加以逮捕 ， 而且通常事先不必经由皇帝同意 。
【明朝厂卫是什么样的组织？厂卫的职责是什么？】西厂成立半年后，由于其手段恐怖，弄得朝野上下人人自危 。大学士商辂等辅臣集体上书，向宪宗举报以汪直为首的西厂所做的不法之事 。宪宗闻言 ， 十分震惊，遂废置西厂 。但月余不到，失去安全感的宪宗又将西厂恢复 ， 并复用汪直 。在接下来的几年中，西厂权势达到了巅峰 。但由于汪直权力的极度膨胀，也逐渐引起了皇帝的警觉 。不久 ， 汪直遭皇帝冷落，在与东厂、锦衣卫等组织的权力角逐中遭到失败，西厂也随之解散 。
除东厂、西厂外，明朝宫内特务机构中还有一个不太为人所知的组织——内行厂 。明武宗时，大太监刘瑾掌权，宦官势力一度十分强盛，西厂再次设立 ， 由太监谷大用负责统领 。但东厂、西厂两家由于权力争夺，关系一度相当紧张 。在此情况下，刘瑾便又设立一个内行厂，由其本人直接指挥 。内行厂的职能与东、西厂相当，但其侦缉范围却更广，甚至包括对东、西厂和锦衣卫的监督 。一时间，宫内宫外四大特务机构并存，缇骑四出，天下骚动 。直到五年之后刘瑾倒台，明武宗才将西厂和内行厂一并废止 。
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