一般情况下，45-55天，白色菌丝长满整个栽培袋时，可转入子实体阶段管理，此期是决定产量及质量的关键时期，要严格控制环境条件，精心管理，促进子实体的形成和生长 。这时管理中需要注意六点：
1．催菇 。菌丝长满培养料后，要使其正常出菇达到理想的产量和质量，还要进行催菇 。具体方法是：搔菌、降温和增湿 。所谓搔菌就是将栽培袋口打开伸直，用消过毒的镊子或铁刷将接种块去掉 。经过搔菌，子实体形成多而且整齐 。经过搔菌后，应把温度降到10-12℃促进原基形成，同时要使空气相对湿度保持在85%左右，太低不利于大量菇蕾的发生，太高会给后期病害发生带来隐患，湿度不足时用超声波加湿器加湿 。为了更好的保湿，可在栽培袋口上覆盖一层报纸，每天喷水2-3次 。喷水要细，不能使报纸上积水，保持潮湿即可 。一般经催菇3-5天后，料面上就会出现大量米粒状的菇蕾 。
2．温度控制 。金针菇属低温型菇类，耐寒性较强 。子实体形成和生长的温度范围为5-18℃，在10-15℃时对于实体形成最为有利，低于8℃时子实体生长缓慢，高于18℃时子实体很难形成 。总之，金针菇适合低温条件，在较低温度下十出菇整齐，菌柄长，产量高 。
所以子实体原基形成后，要严格控制温度 。室内温度最好控制在10-12℃ 。温度低于8℃时，子实体生长缓慢 。但菇品质较好 。温度高于15℃时，子实体生长迅速，极易开伞形成劣质菇 。控制温度是通过揭盖草苫和通风换气进行的 。冬季温度很低时，可以用增温设备，但注意煤烟等废气不能放到棚室内 。
为了使出菇整齐，往往还要经过一个抑蕾或均育阶段 。袋栽金针菇在割袋入出菇房后，应将温度降至8℃2-3天，使细嫩原基迅速吹干 。待原基吹干变黄后，将温度调为12-15℃，促进原基再生，当再生原基形成后，将温度控制在6-9℃至子实体采收 。
3．湿度控制 。子实体生长期，培养料的湿度70%为宜，空气相对湿度为80%-90% 。湿度过低则抑制菇体的生长，并使培养料失去过多的水分，空气相对湿度过高容易造成烂菇或发生杂菌和病害 。子实体生长期间湿度应控制在80%-90% 。每天要向空间和四壁喷雾状水2-3次 。并保持地面常有水 。切勿向菇体上喷水，以免子实体颜色变深，导致烂菇 。在出菇期，水分管理也可以用五字经来概括 。一保，当菌袋发满后，立即开袋搔菌，除去老菌皮，盖湿报纸或地膜进行保湿催蕾 。二降，当菇营长到l-2厘米，即进入抑制生长时期，此时要减少或停止喷水，降低湿度 。连续3-5天夜间打开门窗，让冷风进入降温散湿，把温度下降到8℃以下（以4-8℃）最好，湿度降到70%左右，使子实体受抑，生长整齐粗壮 。三促，子实体长到3-4厘米，进入伸长期后，每天喷水4-5次 。喷水量随菇体长大而增加，空气湿度控制在90%左右，同时适当通风，采取干湿交替来抑制菇盖增加和促使菇柄伸长 。此阶段喷水要根据天气情况变化而变化，做到晴天适当多喷，雨天少喷，以防因用水过湿而发生根腐病、褐斑病 。切忌将水喷洒到菇盖上 。四补，菌袋在头潮菇采收后，含水量下降20%-30%，二潮菇采后下降30%-00% 。因此，在第一、二潮菇采收后，要立即向搔过菌的菌袋内喷水补湿、其做法是：连续2-3天，每天0-3次直接朝袋内喷水，每次以菌袋表面湿润为宜，不可使袋内积水 。为提高产量，可在水中加少量的尿素、白糖、磷酸二氢钾等，以补充养分 。五浸，采收二潮菇后，菌袋的含水显已降到50%以下，此时可脱去塑料袋，将菌袋放在池水中浸泡（上加重物），待菌袋吸水恢复到原来开袋时的重量时捞起，稍晾干装入袋中 。也可直接向袋内注水浸泡，待菌柱吸足水后，倒净袋内多余的水分，然后再将菌袋重新排放在床架上，盖湿报纸照常管理，这样还可采两潮菇 。
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