此时 ， 已经自立于河北的刘秀在部将的拥戴下，在当年六月于河北鄗城(河北邢台柏乡县固城店镇)千秋亭正式登基称帝，建元建武，建国号汉，刘秀即汉世祖光武皇帝 。
更始二年(24年)十月，另一部起兵于山东、主要由贫苦农民组成的义军——赤眉军了解到关中的更始政权腐败涣散、倒行逆施，不得人心 ， 于是其首领徐宣、樊崇、逄安等决定发兵西进直驱关中 ， 消灭更始政权 。进军途中，赤眉军首领拥立高皇帝刘邦十一世孙、城阳景王刘章后裔、故式侯刘萌第三子刘盆子为上将军，建年号“建始”(也有的史书记载为建世) 。
更始二年、建始元年(24年)十二月 ， 赤眉军一路顺畅无比地进入了关中 ， 而更始政权束手无策，甚至还在内讧(前汉皇太子刘婴被从长安接走，在临泾建立割据政权) 。更始三年、建始二年(25年)三月，赤眉军大败更始军于蓩乡 。四月，更始政权内讧加剧，更始帝诛杀建国的功臣申屠建等 ， 王匡则投降了赤眉军 。五月，赤眉军抵达长安并开始围城 。更始帝及其心腹坚守了数月，终于不支而出城逃跑 。九月，赤眉军奉建始帝刘盆子入城，更始政权覆灭 。
汉建武元年、赤眉建始二年(25年)十月 ， 众叛亲离、走投无路的更始帝刘玄在绝望中返回长安，赤着身体来到长乐宫，把代表皇帝至高无上地位的传国玉玺献给了建始上将军刘盆子，向建始政权投降 。得到皇帝印绶之后，赤眉军正式拥立刘盆子为皇帝 ， 即建始帝 。
刘玄投降之后 ， 赤眉军一开始准备将其诛杀，但刘玄的侍从、建始帝的兄长刘恭(嗣式侯)拼死阻挡、甚至要以自杀来维护刘玄的安全，赤眉军统帅樊崇等看在建世帝的面子上，赦免了刘玄，并封他为畏威侯 。刘恭再向弟弟建始帝求情，于是建始帝晋封刘玄为长沙王，由赤眉军右大司马谢禄负责保护居住 ， 刘恭也随同侍奉 。
赤眉建始政权消灭更始政权后占据了关中三辅之地，但对当地百姓的统治过于苛刻暴虐，导致百姓们厌恨赤眉、怀念更始政权，同时光武皇帝也开始派军队进攻关中，和赤眉军争夺天下正统 。
投降了赤眉军的前更始将领张n等人因为得罪过刘玄，此时怕有人乘机劫走刘玄后重建政权、东山再起，导致自己会遭殃，便在当年十一月向谢禄进言：“今关中不稳 ， 诸营长多欲篡圣公(刘玄字圣公)以成大事者 。一旦失之 ， 合兵攻公(指谢禄)，其自灭之道也!”谢禄深以为虑，于是趁刘恭某天离开刘玄身边、去皇宫拜见弟弟建世帝刘盆子的时候，哄骗刘玄和自己的亲兵们一起到郊外去牧马游玩，密令亲兵把刘玄杀死在郊外 。刘玄被杀时年纪不详，大约在三十余岁左右 。
刘恭从皇宫回来后，得到了刘玄被害的噩耗，顿时嚎啕大哭，想要和谢禄拼命，但是他无兵无权，不能拿手握重兵的谢禄如何，只得暂时收起仇恨，连夜赶到郊外将刘玄的遗体收敛并妥善安葬 。
汉建武二年、赤眉建始三年(26年)春 ， 因为连年的战乱以及建始政权的压榨 ， 关中终于断粮 ， 赤眉军不得不放弃长安 ， 向陇右地方转移，寻找就食之地，光武皇帝趁机派已经进入关中的大将邓禹率军收复长安 。此时随弟弟刘盆子西迁陇右的刘恭暗中联系了邓禹，告知刘玄被害之事以及临时的安葬地 。
邓禹不敢怠慢，马上将这个消息急报光武皇帝 。光武皇帝念在刘玄和自己同出舂陵刘氏一脉，还曾君臣一?。谑敲擞戆蚜跣囊盘逡览裰聘脑岬桨粤?孝文皇帝陵寝)，给了族兄最后的体面 。
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