蛋白酶主要作用于面团中的面筋蛋白， 切断氨基酸之间的肽键， 将其降解为肽和氨基酸 。 蛋白酶降解蛋白质会降低面团的面筋强度， 促进面团的软化， 从而增加面团的粘弹性、流动性和延展性， 缩短面团的面筋形成时间， 减少揉面时间和动力 。
此外， 面团面筋强度的减弱有助于改善面团的发酵效果和风味， 因为降解产生的氨基酸和多肽有助于风味物质的形成和呈现 。
在面包制作过程中， 根据不同的工艺要求添加一定量的蛋白酶， 不仅可以提高面团的弹性和延展性， 还可以改善可加工性， 加快发酵过程， 提高面包的品质 。 蛋白酶种类繁多， 反应难以控制 。 因此， 在实际应用中， 一般选择应用最广泛的霉菌蛋白酶 。 根据不同面粉的特性和工艺要求， 选择合适的添加量和添加方式， 最大限度地提高焙烤产品的品质 。
在制作其他焙烤制品时， 应选用可塑性好的软面粉， 即蛋白质含量低的面粉， 制作出能满足工艺要求的面团， 以达到饼干的独特口感 。 传统上使用化学还原剂来软化面筋， 但它们不仅会破坏面粉中的营养成分， 还会对人体健康造成危害 。 同样， 在蛋糕制作中， 适当添加蛋白酶可以有效提高蛋液的乳化性和保泡性， 弱化面筋， 降低原料和工艺成本， 改善产品的口感和风味 。
此外， S.Renzetti等人发现糙米粉被用来制作糙米粉 。
包时， 面包的面团更倾向于蛋糕面糊而不是普通的面粉面团， 流动性能会更好， 此时适当的蛋白质水解有助于改善面糊的胀发性能 。
研究发现， 制作糙米粉面包时， 用不同添加量的蛋白酶处理糙米粉， 添加量增加面包的比容显著增加， 面包的硬度、咀嚼性、内聚性均显著降低 。 对经过蛋白酶处理的面糊进行冷冻干燥后通过RVA 面粉快速黏度分析仪检测发现， 蛋白酶的添加能够有效降低面糊黏度 。
另外， 在小麦粉相关膨化产品的制作过程中， 蛋白酶同样能够起到弱化面筋， 改善小麦面粉流变学特性， 使其性质更接近于马铃薯全粉， 以求提高产品品质 。 关文苑研究发现， 中性蛋白酶、风味蛋白酶、木瓜蛋白酶和菠萝蛋白酶处理小麦低筋粉均能有效降低脆片的硬度， 影响产品的酥脆性 。
蛋白酶的酶解作用改变了小麦粉的流变学特性、糊化焓值、黏度特性， 使得在小麦膨化产品制作中， 微观的孔洞结构更加细密、数量更多， 以达到小麦膨化产品的口感及结构特性更接近于马铃薯粉膨化产品 。
脂肪酶又称甘油三酯水解酶， 其在烘焙中的作用主要是催化面团中的油脂分解产生自由脂肪酸和一些小分子物质， 如酰基甘油、自由脂肪酸等 。 这有助于面筋形成更强的极性和亲水结构， 能让麦谷蛋白与水的结合更紧密， 增加面筋网络结构中的二硫键， 形成更强更稳定的网络结构， 这有助于提高醒发过程中面团组织气室的韧性， 改善组织结构， 增大产品的体积 。
Sara Melis 等研究发现， 脂肪酶对面包体积的影响与面团中气体和面筋的界面稳定性有关， 即增强了面团中小气室的强度， 使得面团组织结构中小气室的分布更均匀， 不易破裂结合为大孔洞， 能够有效增大面包体积和支撑力 。
此外， 脂肪酶能够使溶于脂肪中的色素释放出来， 释放出来的色素暴露在空气中被氧气氧化而褪色， 使得产品组织色泽白皙， 提高产品品质 。 而且， 脂肪分解后产生的酰基甘油能够起到乳化作用， 有助于面团中生成直链淀粉- 脂质复合物， 这有助于增加产品的柔软度， 延缓产品老化， 还能够改善面包芯的组织结构和白度 。 对于脂肪酶的应用， 未来随着技术发展或可减少乃至于替代传统乳化剂， 达到同样提高产品品质， 并且降低产品成本 。
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